Klinische Schwerpunkte der Universitätsklinik für Neurologie bestehen in der Diagnostik und Behandlung folgender Erkrankungen: Schlaganfall (invasive Schlaganfalltherapie), Bewegungsstörungen (z.B. Parkinsonchirurgie, Dystonien), Anfallserkrankungen (Epilepsiechirurgie), autoimmun-entzündliche Erkrankungen des Zentralen Nervensystems (insbesondere Multiple Sklerose), neuromuskuläre und neurogenetische Erkrankungen, Myasthenia gravis, Kopfschmerzen, Demenzen, Schlafstörungen. Ein weiterer Schwerpunkt besteht in der neurologischen Rehabilitation.
Zur Erfüllung der klinischen Aufgaben stehen drei Bettenstationen mit insgesamt 73 Betten zur Verfügung mit den Spezialbereichen Stroke Unit (Schlaganfallbehandlung), einer Epilepsie Monitoring Unit (Epilepsieüberwachungseinheit) sowie Einrichtungen für die Akutnachbehandlung neurologischer PatientInnen der Phase B und C (Neurorehabilitation). Für die akute ambulante PatientInnenversorgung ist eine neurologische Notfallambulanz eingerichtet.
Zur Abklärung und Behandlung komplexer neurologischer Erkrankungen auf universitärem Niveau sowie zur Unterstützung der Forschungsaufgaben betreibt die Klinik verschiedene Spezialambulanzen. Darüber hinaus besteht eine intensive Vernetzung mit anderen Klinken in Form des neurologischen Konsiliardienstes. Die besondere Aufgabe der Hirntoddiagnostik in Ostösterreich (bei PatientInnen, die als Organspender in Frage kommen) wird ebenfalls von der Universitätsklinik für Neurologie wahrgenommen. An der Klinik sind im Schnitt 50 ÄrztInnen tätig. Im Jahr 2015 wurden 1.835 PatientInnen stationär und über 13.500 PatientInnen ambulant behandelt.